《命运石之门0》承接《命运石之门》真结局后的β世界线，讲述冈部伦太郎在2010年11月未能拯救牧濑红莉栖后的故事。曾经的中二病“凤凰院凶真”消失，取而代之的是深陷自责与创伤的普通青年。他放弃时间机器研究，试图回归平凡生活，却始终无法摆脱失去“她”的痛苦。

同伴们担心着消沉的冈部，真由理、桥田至、菲莉斯等人各自以方式陪伴他。与此同时，新的角色与势力登场：比屋定真帆带来红莉栖生前的记忆数据，Amadeus系统让“她”以AI形式重现；椎名篝的神秘出现、俄罗斯side的阴谋、第三次世界大战的阴影，都迫使冈部再次面对时间线的残酷选择。

本作聚焦“放弃拯救”后的心理挣扎，探讨记忆、替代与救赎。冈部必须在没有“她”的世界里寻找活下去的意义，而β世界线的未来，正悄然指向另一场风暴。